香港城市大學(xué)（城大）的研究團隊開發(fā)嶄新檢測方法，能夠檢測活細胞內(nèi)與非編碼RNA（核糖核酸）結(jié)合的蛋白質(zhì)。這項新技術(shù)有望應(yīng)用於癌癥診斷與幹細胞研究，甚至有助找出治療新型冠狀病毒的潛在藥物靶點。
非編碼RNA被普遍認為是表觀遺傳調(diào)控的重要因子，並與許多疾病的形成有關(guān)。然而，要明確了解它們與活細胞中蛋白質(zhì)之相互作用，有很大技術(shù)局限，因此其生物功能仍是未解之謎。
為進一步揭示其作用以作出診斷或治療，研究團隊開發(fā)了名為「以CRISPR輔助檢測RNA與蛋白質(zhì)相互作用」（CARPID）的新技術(shù)，可以靈敏地在活細胞中檢測與目標(biāo)RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)。
這項研究由城大生物醫(yī)學(xué)系副教授嚴健博士、張亮博士和陳居明博士共同領(lǐng)導(dǎo)。研究結(jié)果早前在科學(xué)期刊《自然方法》上發(fā)表，題為「以CRISPR輔助檢測活細胞內(nèi)RNA與蛋白質(zhì)相互作用」。該刊的影響因子（Impact Factor）在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域位列第一。
研究團隊借助現(xiàn)時最先進的基因編輯技術(shù)CRISPR/dCasRx系統(tǒng)導(dǎo)航，找出目標(biāo)RNA，再運用鄰近生物素標(biāo)記技術(shù)，找出活細胞中RNA與蛋白質(zhì)的相互作用。
研究團隊認為CARPID的應(yīng)用範(fàn)圍廣泛，包括檢測病毒RNA的結(jié)合蛋白。嚴博士說：「舉個例子，SARS-CoV-2就是一種引起新型冠狀病毒的RNA病毒。一旦細胞受病毒感染，我們可以用CARPID來檢測該RNA病毒在病毒生命周期中與哪些細胞蛋白結(jié)合。如果能夠減少這些結(jié)合蛋白的數(shù)量，或許可以抑制病毒的複製。這些資訊可能有助找出潛在的抗病毒藥物靶點。」
張博士指出，由於非編碼RNA在癌細胞的數(shù)量比在正常細胞內(nèi)高出很多，因此被視為診斷癌癥的生物標(biāo)誌物。如果可檢測癌細胞中這些非編碼RNA的結(jié)合蛋白，或有助找出致癌機制及用於癌癥診斷或治療的潛在藥物靶點。研究團隊亦會嘗試將新方法應(yīng)用於幹細胞研究。
此外，該檢測可在活細胞中進行，並在生理狀態(tài)下完全恢復(fù)RNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用；同時能夠靈敏地檢測出任何長度或濃度的RNA結(jié)合蛋白，而大部分現(xiàn)有方法只能應(yīng)用於較長的非編碼RNA。
陳博士、嚴博士、張博士是論文的共同通訊作者。論文的共同第一作者是生物醫(yī)學(xué)系博士生李靖宇和朱孝軒，以及來自西安西北大學(xué)的易文凱和王曦博士。
