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城大學(xué)者揭開人造建築環(huán)境中病毒和細(xì)菌相互作用的奧祕(mì)

 

人造建築環(huán)境中的病毒可對(duì)公眾健康構(gòu)成威脅,然而以往的研究大多針對(duì)細(xì)菌,針對(duì)病毒的則較少。由香港城市大學(xué)(城大)的環(huán)境科學(xué)家們帶領(lǐng)一項(xiàng)研究,便首次提供了證據(jù),證明在人造建築環(huán)境如公共場(chǎng)所和寓所裡,病毒和細(xì)菌經(jīng)常頻繁互動(dòng),而且病毒有可能通過把獨(dú)特的基因插入宿主細(xì)菌內(nèi),幫助細(xì)菌適應(yīng)養(yǎng)分不足的人造環(huán)境和繼續(xù)生存。

通過了解這些「病毒-細(xì)菌」的相互作用以及找出抗生素耐藥性基因的可能傳播途徑,城大研究團(tuán)隊(duì)希望這些最新的研究成果能夠幫助制定有效的控制策略,以便減少人類與有害微生物的接觸和感染。

病毒與宿主之間的相互作用,對(duì)於各種生態(tài)系統(tǒng)中微生物群落的生態(tài)和進(jìn)化,至為重要。然而,人們對(duì)於人造建築環(huán)境中的感染免疫機(jī)制以及病毒與宿主的相互作用,一直不甚了解。所謂人造建築環(huán)境,是人類經(jīng)常活動(dòng)的人造地方如建築物、公共空間、交通和基建設(shè)施。

城大能源及環(huán)境學(xué)院李鈞瀚教授說:「隨著全球愈來愈多人口居住於城市,居民經(jīng)常曝露於不同的微生物之中,對(duì)公共衛(wèi)生構(gòu)成影響,因此人造建築環(huán)境、尤其是室內(nèi)的環(huán)境,也愈來愈重要。然而,過往對(duì)於人造建築環(huán)境的研究,大多忽略了病毒的問題。」

「故此,在我們的最新研究中,我們?nèi)嫣剿髁嗽谌嗽旖êB環(huán)境中存在的各種病毒,並發(fā)現(xiàn)了許多病毒和細(xì)菌發(fā)生相互作用的嶄新分子機(jī)制。這些發(fā)現(xiàn)不僅對(duì)基礎(chǔ)微生物科學(xué)具重要性,而且對(duì)於如何改善建築環(huán)境的管理以便保障居民健康,同樣重要。」李教授補(bǔ)充道。

Viruses-Bacteria interactions in Man-made Environments
上述網(wǎng)絡(luò)圖顯示不同人造環(huán)境中的病毒及其預(yù)測(cè)的細(xì)菌宿主。圓圈和菱形分別表示預(yù)測(cè)的細(xì)菌宿主(生物分類科級(jí))和病毒,連線顏色則代表其預(yù)測(cè)方法,病毒與宿主在棲息地上的聯(lián)繫頻率則如右圖所示。(圖片來源:Du, S. et al, https://www.nature.com/articles/s41467-023-38400-0

在這項(xiàng)研究中,研究團(tuán)隊(duì)在全港不同類型的公共和私人人造建築環(huán)境,共收集了738個(gè)樣本。樣本主要收集自建築環(huán)境裡的扶手、短柱、地板、燈柱、門柄以及居民的皮膚。然後,團(tuán)隊(duì)使用宏基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)樣本進(jìn)行分析。

分析的結(jié)果帶來了許多有趣的發(fā)現(xiàn)。首先,研究數(shù)據(jù)顯示,病毒是人造建築環(huán)境裡微生物群落的一個(gè)基本組成部分。其中,噬菌體作為一種可感染細(xì)菌及在細(xì)菌內(nèi)自我複製的病毒,被發(fā)現(xiàn)遍布於建築環(huán)境裡不同物質(zhì)的表面。同時(shí),團(tuán)隊(duì)在建築環(huán)境中找到許多病毒,它們與其他生態(tài)系統(tǒng)中的病毒截然不同。

Viruses-Bacteria interactions in Man-made Environments
上述示意圖說明了病毒如何把基因插入細(xì)菌宿主之內(nèi),以干擾宿主基因組或?yàn)樗拗魈峁┯欣拇x功能。(圖片來源:Du, S. et al, https://www.nature.com/articles/s41467-023-38400-0

其次,研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了證據(jù),證明有病毒向其細(xì)菌宿主插入了基因,以控制宿主代謝途徑的特定步驟甚或整個(gè)代謝途徑。這顯示出病毒可以幫助細(xì)菌適應(yīng)營養(yǎng)匱乏的建築環(huán)境,以便共同進(jìn)化,生存下去。

次研究亦發(fā)現(xiàn)了細(xì)菌用以對(duì)抗病毒的多種嶄新免疫防衞系統(tǒng),以及病毒用以逃避細(xì)菌免疫系統(tǒng)而衍生的小蛋白。這些研究結(jié)果顯示,病毒和細(xì)菌宿主在建築環(huán)境中頻繁地互動(dòng),而且彼此都有機(jī)制去抵擋對(duì)方。

此外,研究團(tuán)隊(duì)從在人類皮膚或經(jīng)常被觸摸的室內(nèi)表面上找到的病毒裡,檢測(cè)出一些對(duì)抗生素有耐藥性的基因。這些具耐藥性基因的病毒可能會(huì)感染細(xì)菌宿主,導(dǎo)致耐藥性基因有機(jī)會(huì)在不同種類細(xì)菌之間作平行轉(zhuǎn)移。因此,在建築環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的病毒,究竟在細(xì)菌發(fā)展出耐藥性的過程中扮演甚麼角色,極為關(guān)鍵,需要進(jìn)一步研究。

李教授總結(jié)今次研究說:「我們的研究發(fā)現(xiàn),病毒的多樣性、組成、代謝功能和生存方式,會(huì)因應(yīng)不同的建築環(huán)境條件而改變。故此,因應(yīng)環(huán)境而制訂特定的控制策略,以盡量減低人類接觸有害微生物的機(jī)會(huì),從而更好地保障居民健康,極為重要。今次的研究結(jié)果正好通過提升對(duì)建築環(huán)境中病毒與細(xì)菌的複雜相互作用的基本理解,幫助達(dá)致上述目標(biāo)。」

上述研究成果已於科學(xué)期刊《自然通訊》(Nature Communications)上發(fā)表,題為〈Highly host-linked viromes in the built environment possess habitat-dependent diversity and functions for potential virus-host coevolution〉

Viruses-Bacteria interactions in Man-made Environments
城大能源及環(huán)境學(xué)院李鈞瀚教授(右)、博士生杜世聰小姐(左)與研究團(tuán)隊(duì)在全港不同類型的公共和私人人造建築環(huán)境收集樣本,以作研究。(圖片來源:香港城市大學(xué))

論文第一作者是城大能源及環(huán)境學(xué)院博士生杜世聰小姐,通訊作者是李教授。其他團(tuán)隊(duì)成員包括該學(xué)院的賴志強(qiáng)教授陳澤強(qiáng)教授童心昭博士,以及來自美國威爾康奈爾醫(yī)學(xué)院的Christopher E. Mason教授

是次研究得到了香港研究資助局的研究影響基金以及優(yōu)配研究金支持。

 

 

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